Administrativt er Lyngen kommunes organisering lagt opp etter tre-nivå-modellen, der rådmannen er den øverste leder for den samlede kommunale administrasjonen.

Kommunestyret delegerer myndighet til rådmannen, som igjen har rett til å videredelegere.

Enhetslederne har rapporteringsansvar til sektorlederne, som videre rapporterer til rådmannen. Sektorlederne og rådmannen har faste møter hver annen uke.